Topik tersebut kerap diangkat karena sesuai dengan latar belakangnya sebelum masuk islam, yang mana dia adalah seorang pendeta.
Sebelumnya, Yahya Waloni merupakan tokoh intelektual dikalangan non-muslim, dan pernah terdaftar sebagai pendeta pada Badan Pengelola Am Sinode GKI di Tanah Papua, Wilayah VI Sorong-Kaimana.
Selain itu, dia juga pernah menjabat sebagai Ketua atau Rektor Sekolah Tinggi Theologia (STT) Calvinis Ebenhaezer di Sorong tahun 1997-2004.
Yahya Waloni pun menetap di Sorong sejak tahun 1997-2004 karena pindah ke Balikpapan. Di sana, dia menjadi dosen di Universitas Balikpapan (Uniba) sampai tahun 2006.
Sebagaimana dikutip dari situs resmi Kemenag RI, Yahya Waloni mengaku memeluk Islam karena Hidayah Allah pada Oktober 2006, bersama istri dan tiga anaknya.
Dia dan keluarganya sah memeluk Islam melalui tuntutan Sekretaris Pimpinan Cabang Nahdlatul Ulama (NU) Tolitoli, Komarudin Sofa.
Nama dia sebelumnya adalah Yahya Yopi Waloni. Setelah memeluk Islam, namanya diganti menjadi Muhammad Yahya dan nama istrinya Lusiana diganti menjadi Mutmainnah.
Nama anak-anaknya pun turut diganti, Silviana diganti menjadi Nur Hidayah, Sarah menjadi Siti Sarah, dan Zakaria tetap menggunakan nama tersebut.