Pada tahun 1492 di Andalusia, selama Perang Granada, Aguilar de Nerha diterima ke dalam kelompok Persaudaraan Pembunuh dan ditugaskan untuk melindungi Pangeran Ahmed de Granada dari Ordo Templar.
Pada tahun 1986, seorang remaja bernama Callum "Cal" Lynch menemukan ibunya dibunuh oleh ayahnya, Joseph, seorang Assassin modern.
Baca Juga: Lokasi Vaksin Booster Gratis di Kota Bandung dan Bogor Hari Ini Jumat, 29 Juli 2022
Orang-orang bersenjata yang dipimpin oleh Alan Rikkin, CEO Yayasan Abstergo Templar, tiba untuk menangkap Joseph.
Di saat yang sama, ia membujuk putranya untuk melarikan diri.
Pada tahun 2016, Cal akhirnya dijatuhi hukuman mati karena telah membunuh seorang germo, tetapi Abstergo memalsukan eksekusinya dan membawanya ke fasilitas penelitian mereka di Madrid.
Cal diberi tahu bahwa Templar sedang mencari Apple of Eden, salah satu dari banyak artefak yang dibangun oleh peradaban yang telah lama hilang.
Artefak tersebut digunaka untuk menghilangkan kekerasan dengan menggunakan kode Apple guna mengontrol kehendak bebas manusia.
Sementara itu, Sofia, putri Alan dan kepala ilmuwan, mengungkapkan bahwa Cal adalah keturunan Aguilar, orang terakhir yang dipastikan memiliki Apple.