Pengobatan yang bisa dilakukan saat seseorang terinfeksi Naegleria fowleri adalah dengan diberikan secara intravena atau disuntikkan ke area sekitar sumsum tulang belakang.
Obat tambahan yang dapat diberikan untuk mengobati infeksi Naegleria, meliputi flukonazol, obat antijamur, azitromisin, antibiotik, rifampisin. Antibiotik, meskipun dapat mengganggu obat lain yang digunakan untuk mengobati infeksi.***