Bertahun-tahun kemudian, Peter remaja (Andrew Garfield) kini telah bersekolah di Midtown Science High School. Dia diintimidasi oleh Flash Thompson (Chris Zylka), dan menarik perhatian Gwen Stacy (Emma Stone).
Di rumah, Peter menemukan dokumen ayahnya, dan mengetahui bahwa ayahnya bekerja dengan sesama ilmuwan Dr. Curt Connors (Rhys Ifans) di perusahaan Oscorp, di bidang genetika lintas spesies.
Baca Juga: Sebut Penolakan Laporan Balik Munarman FPI Bukan Diskriminatif, Pakar: Polisi Punya Dasar Hukum
Menyelinap ke Oscorp, Peter memasuki lab tempat "biocable" sedang dikembangkan dari laba-laba hasil rekayasa genetika, dan salah satunya menggigit Peter.
Setelah kejadian itu, Peter menemukan dirinya memiliki kemampuan seperti laba-laba, yakni memiliki kekuatan super, indra tajam, refleks, kelincahan, dan kecepatan.
Setelah mempelajari makalah Richard, Peter mengunjungi Connors yang berlengan satu.
Baca Juga: Cek Fakta: Beredar Kabar Kasus Penembakan Laskar FPI Dibawa ke Mahkamah Internasional, Ini Faktanya
Peter mengungkapkan bahwa dia adalah putra Richard dan memberikan "algoritme laju peluruhan" ayahnya kepada Connors, sebuah bagian yang hilang dalam eksperimen Connors pada anggota tubuh yang beregenerasi.
Saat itu, Connors sedang ditekan oleh atasannya, Dr. Ratha (Irrfan Khan), untuk merancang obat bagi pemimpin perusahaan Oscorp yang tengah sekarat, Norman Osborn.
Suatu malam di toko makanan terdekat, seorang kasir menolak untuk membiarkan Peter membeli susu ketika Peter kekurangan dua sen.