Setelah Neo pergi, sekelompok besar Smith mengasimilasi Sati dan Seraph.
Oracle tidak menolak asimilasi dan Smith mendapatkan kekuatan prekognisinya.
Di dunia nyata, kru Nebukadnezar dan Palu menemukan dan mengaktifkan kembali kapal Niobe, Logos.
Baca Juga: Ditanya tentang Sosok yang Berpeluang Jadi Pemenang Ballon d'Or 2021, Ini Jawaban Luis Suarez
Mereka menginterogasi Bane soal ingat atau tidaknya dia mengenai insiden pembantaian sebelumnya.
Saat para kapten merencanakan pertahanan mereka terhadap Sion, Neo meminta sebuah kapal untuk melakukan perjalanan ke Kota Mesin.
Termotivasi oleh pertemuannya dengan Oracle, Niobe menawarkan Logo kepadanya.
Neo berangkat, ditemani oleh Trinity. Bane, yang telah menyimpan Logos, menyandera Trinity.
Baca Juga: Partai Demokrat Kembali Berduka, Mantan Mensesneg Era SBY Meninggal Dunia
Neo menyadari bahwa Bane telah berasimilasi dengan Smith dan perkelahian pun terjadi.