Dalam perkelahian, mata Neo terluka, tapi Neo menemukan fakta bahwa dia masih bisa "melihat" kode sumber mesin di dunia nyata dan menggunakan kemampuan ini untuk membunuh Bane.
Trinity mengarahkan mereka ke Machine City.
Niobe dan Morpheus bergegas menuju Sion di Hammer untuk membantu pertahanan manusia.
Galangan kapal zion kewalahan oleh gerombolan Penjaga, dan Kapten Mifune yang terluka parah memerintahkan Kid untuk membuka gerbang untuk Palu.
Saat tiba, ia mengeluarkan EMP-nya, menonaktifkan semua Sentinel yang ada, juga pertahanan Zion yang tersisa.
Manusia dipaksa untuk mundur dan menunggu serangan berikutnya, mereka bahkan berpikir itu akan menjadi pertahanan terakhir mereka.
Logos diserang oleh gelombang mesin di luar Machine City.
Untuk menghindari serangan yang semakin gencar, mereka terbang untuk membuka langit, dan kemudian menabrak sebuah gedung, melukai Trinity secara fatal.
Neo memasuki Kota Mesin dan bertemu dengan pemimpin mesin dalam bentuk "Deus Ex Machina".