Neo memperingatkan bahwa Smith berencana untuk menaklukkan Matrix dan dunia nyata dan menawarkan untuk menghentikan Smith dengan imbalan perdamaian dengan Zion.
Deus Ex Machina setuju, dan Sentinel ditutup, menghentikan serangan sementara terhadap Sion.
Mesin memasukkan Neo ke dalam Matrix, yang populasinya kini telah sepenuhnya berasimilasi oleh Smith.
Smith dengan kekuatan Oracle yang semakin maju, memberi tahu Neo bahwa dia telah meramalkan kemenangannya melawan Neo.
Setelah pertarungan yang berkepanjangan, Neo tampaknya mengakui kekalahan dan membiarkan dirinya berasimilasi.
Di luar Matrix, mesin mengirimkan gelombang energi ke tubuh Neo, yang di dalam Matrix menyebabkan klon Neo-Smith, kemudian semua klon Smith lainnya dihancurkan, meninggalkan Oracle terbaring di sana.
Sentinel mundur dari Zion, pelukan Morpheus dan Niobe, dan tubuh Neo yang tak bernyawa terbawa oleh mesin.
Matrix di-boot ulang, dan Arsitek bertemu Oracle di taman.
Baca Juga: Jelang Laga Lawan Persebaya, Angelo Alessio Keluhkan Waktu Persiapan Persija yang Mepet