Bentrokan tersebut menyebabkan ratusan orang terluka karena bulan suci Ramadhan bertepatan dengan Paskah Yahudi.
Serangan oleh warga Palestina dan Arab Israel sejak akhir Maret telah menewaskan 14 orang di Israel, sementara 24 warga Palestina tewas.
Pejabat Palestina dan militan telah berulang kali menuduh Israel berusaha untuk membagi Al-Aqsa menjadi bagian Yahudi dan Muslim atau waktu kunjungan, seperti situs suci sensitif lainnya di dekat Hebron.
Baca Juga: Perhatikan! Ini Aturan Lengkap Halal Bihalal Idulfitri 2022, Jumlah Tamu Dibatasi Sesusai Level PPKM
Mereka telah menyuarakan kemarahan atas serangan berulang kali oleh pasukan keamanan Israel ke kompleks masjid.
Namun Lapid menyalahkan ketegangan baru di lokasi itu pada apa yang ia sebut sebagai teroris yang mencoba menghasut kekerasan.
"Organisasi teroris telah mencoba untuk membajak Masjid Al-Aqsa untuk menciptakan pecahnya kekerasan di Yerusalem dan dari sana konflik kekerasan di seluruh negeri," ujarnya.
Dia menuduh kelompok Hamas dan Jihad Islam mengirim ekstremis dengan senjata dan bahan peledak untuk menggunakan kompleks Al-Aqsa sebagai pangkalan untuk menghasut kerusuhan dengan kekerasan.
"Mereka melakukan ini untuk membuat provokasi, untuk memaksa polisi Israel memasuki masjid dan mengusir mereka," katanya.