Jenazah Saefullah tidak dimakamkan di pemakaman khusus Covid-19 di Pondok Ranggon atau Tegal Alur. Namun dikebumikan di makam keluarga di Rorotan Jakarta Utara.
Sebelum dikebumikan di peristirahatan terakhirnya, Saefullah terlebih dahulu diberikan penghormatan terakhir dalam upacara pelepasan jenazah almarhum di Pendopo Balai Kota Jakarta pukul 15.00 WIB.
Penghormatan terakhir dilakukan Gubernur DKI Jakarta Anies Baswedan beserta staf sebelum jenazah dikebumikan dengan cara diantar melewati Gedung Balai Kota Jakarta di Jalan Medan Merdeka Selatan.
Dalam penghormatan terakhir tersebut dihadiri pula oleh Ketua DPRD DKI Jakarta Prasetio Edi Marsudi, Ketua Satpol PP DKI Jakarta Arifin, pejabat eselon II Pemprov DKI Jakarta dan para Pegawai Negeri Sipil (PNS).