Setelah masa jabatan Aquino berakhir pada 2016, Gascon terus menjabat hingga masa jabatan petahana, Duterte. Masa jabatannya, yang akan berakhir pada Mei 2022, dilindungi oleh konstitusi.
Karena perannya dalam menyelidiki kasus pelanggaran HAM, ia sering menjadi sasaran serangan verbal Duterte.
Pada tahun 2017, ketika Gascon menuntut penyelidikan atas serangkaian pembunuhan sebagian besar remaja laki-laki terkait dengan perang melawan narkoba, presiden secara salah menuduhnya sebagai gay dan pedofil.
Semasa di CHR, Gascon mengatakan perannya adalah bagian dari sistem check and balance demokrasi Filipina.
Baca Juga: Eternals, Film Marvel yang Sebentar lagi Akan Rilis, Ini yang Perlu Diketahui Sebelum Menonton
Pada tahun 2018, ketika Duterte membela perangnya melawan narkoba dengan menyatakan dalam pidato kenegaraan tahunannya, Gascon membalas bahwa menghormati HAM dan mendukung kejahatan tidak akan pernah bisa disamakan.
Dia menunjukkan bahwa pembela HAM hanya menyerukan untuk menegakkan supremasi hukum dan jaminan konstitusional karena pemerintah melakukan kampanye anti-narkoba, bukan menghambat penegakan hukum.
Gascon mendukung penyelidikan Pengadilan Kriminal Internasional (ICC) terhadap perang Duterte terhadap narkoba yang menewaskan ribuan rakyat Filipina yang miskin, yang dituduh menggunakan obat-obatan terlarang.
Baca Juga: Cara Dapatkan Meterai Elektronik Rp10.000 hingga Penjelasan Status Sahnya
Edre Olalia, Presiden National Union of Peoples' Lawyers, mengatakan ia sangat terkejut dan sedih mengetahui berita tersebut.