Adapun kronologi hilangnya KRI Nanggala-402, pada pukul 03.45 KRI Nanggala-402 melaksanakan penyelaman. Kemudian pukul jam 04.00 melaksanakan penggenangan peluncur torpedo nomor 8 dan bukan rudal.
Saat itu merupakan komunikasi terakhir dengan KRI Nanggala pada pukul 04.25, tepat ketika komandan gugus tugas latihan akan memberikan otorisasi penembakan torpedo.***