Kementerian PUPR juga sedang mengerjakan berbagai proyek di Kawasan Labuan Bajo. Di antaranya seperti pembangunan Mako Polres Manggarai Barat dan penataan Promenade Marina Labuan Bajo Zona 4.
Selain itu, peningkatan kualitas lanskap koridor jalan Labuan Bajo, penataan lahan parkir VVIP kantor Bupati Manggarai Barat, penataan trotoar dan jalan Sp. Binongko-Sp. Sylvia. Penataan median Jl. Yohanes Sehadun depan Bandara Komodo.
Kementerian PUPR juga sedang melakukan pembangunan Embung Anak Munting yang terletak di antara Labuan Bajo dan Tana Mori, tepatnya di Desa Warloka, Kecamatan Komodo. Embung Anak Munting memiliki daya tampung 159.481,10 m3 dengan luas genangan mencapai 4,5 hektare.
Tujuan pembangunan embung untuk menunjang aktivitas konservasi dan pariwisata di Destinasi Pariwisata Super Prioritas (DPSP) Labuan Bajo dalam pelaksanaan ASEAN Summit.***