Rafael diduga memiliki PT Artha Mega Ekadhana (AME), sebuah perusahaan konsultasi pembukuan dan perpajakan. Selama penyelidikan, penyidik KPK menemukan bukti bahwa Rafael menerima dana sebesar 90.000 dolar Amerika Serikat melalui PT AME.
Selain itu, penyidik juga menyita sebuah kotak penyimpanan yang berisi sekitar Rp32,2 miliar dalam pecahan mata uang dolar AS, dolar Singapura, dan euro.
Rafael Alun Trisambodo dijerat Pasal 12B UU No. 31/1999 tentang Pemberantasan Korupsi (diubah oleh UU No. 20/2001) berdasarkan penyelidikan KPK.***