Soedharmono (11 Maret 1988 - 11 Maret 1993)
Try Sutrisno (11 Maret 1993 - 11 Maret 1998)
Bacharuddin Jusuf Habibie atau dikenal BJ Habibie (11 Maret 1998 - 21 Mei 1998)
Baca Juga: Jegal Omnibus Law, Mahasiswa Bakar Simbol Keranda Jenazah 'DPR' di Jakarta
BJ Habibie (1998-1999)
BJ Habibie memerintah sebagai presiden dalam waktu yang singkat, yaitu 21 Mei 1998 hingga 20 Oktober 1999. Semasa pemerintahannya belum ada wakil presiden terpilih karena pemilihan dan penggantiannya dilakukan dalam mekanisme DPR.
Abdurrahman Wahid (1999-2011)
Abdurrahman Wahid atau Gus Dur menjadi Presiden ke-4 di Indonesia dengan periode 20 Oktober 1999 hingga 23 Juli 2001. Gus Dur didampingi oleh Wakil Presiden Megawati Soekarnoputri dengan periode yang sama.